CHP'nin yıktığı Ayasofya medresesi 34 odası 7 uygulama ve araştırma merkezi olarak,tarihi dokusuyla yeniden inşâ edilerek 15 Nisan 2022 tarihinde yeniden açılarak ilme hizmet edecek hale getirildi.
1934 yılında, Ayasofya Camii etrafında yapılan düzenlemeler çerçevesinde, görünümü bozduğu gerekçesiyle Başbakan İsmet İnönü'nün talimatıyla Antikiteler ve Müzeler Umum Müdürü Aziz Oğan’ın emriyle yıktırılan Ayasofya Müzesi yeniden ilim yuvası oldu.
Ayasofya Medresesi, ihya çalışmalarının ardından 86 yıl sonra yeni ilimlerin keşfine Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan'ın katılımıyla kapılarını 15 Nisan 2022'de açtı.
1924 yılında medreselerin kapatılmasıyla İstanbul Belediyesi tarafından Öksüzler Yurdu olarak kullanılmış, Ayasofya’nın 1934’te Müzeler Müdürlüğü’ne devredilmesinden bir yıl sonra etrafını açma çalışması ve tarihi eser özelliği taşımaması gibi nedenlerle 1936 yılında Cumhurbaşkanı İsmet İnönü'nün talimatıyla Antikiteler ve Müzeler Umum Müdürü Aziz Oğan’ın emriyle yıktırılmıştır.
1985 Medresenin molozları kaldırılarak temellerine ulaşılmış ve yeniden inşası gündeme gelmiş.
2012 Medresenin yeniden inşası gündem gelmiş, Ayasofya Bilimsel Kurulu'ndan olur almış, ÇED raporunun çıkması bekleniyordu ki, Uluslararası Anıtlar ve Sitler Konseyi (ICOMOS) tarafından engellenmek istenmişti..
Tüm engellemelere rağmen, İslam aleminin önemli simgelerinden olan Ayasofya-i Kebir Cami-i Şerifi'nin arkasında bulunan Fatih Sultan Mehmet döneminde Ali Kuşçu'nun Baş Müderris olarak görev aldığı medrese, tarihi dokusu bozulmadan aslına sadık bir şekilde yeniden hizmete açılmişoldu.
İki katlı inşa edilen medresede 34 oda, 7 uygulama ve araştırma merkezi faaliyet göstermektedir..
İslam Araştırmaları Merkezi, İslam Yazma Eserler Uygulamalı Araştırma Merkezi, dünyada ilk defa Evliya Çelebi Araştırma Merkezi, Vakıf Araştırmaları Merkezi, Görsel İletişim ve Tasarım Uygulama Araştırma Merkezi olarak vatandaşlara hizmet edecek.
Medrese, Fatih Sultan Mehmet Üniversitesi Uygulama ve Araştırma Merkezleri ile lisansüstü programlara ev sahipliği yapmaktadır.
