Esasında medresenin dershane bölümü olan bugünkü mescid IV. Murad döneminde (1623-1640) mescid halini almıştır.
Yangın sonrası zarar gören medresenin yıkılması üzerine kubbeli dershane bölümü de mescid haline getirilmiştir.
Daha sonraları, 6 Temmuz 1756 tarihli Cibali-Vefa yangınında mescit harap olmuştur. Mescidin karşısında evi olan Mimar Mehmed Tahir Ağa yapıyı 1169/1756 yılında yeniden inşa ederek minare ilave etmiştir.
Cumhuriyet döneminde kadro dışı bırakılan mescid bir süre demirci ve nalbant dükkânı olarak kullanılmıştır. 1959-1960 yılında da yeniden tamir edilerek ibadete açılmıştır.
1980'li yıllarda kuzeyde önceleri ahşap, daha sonrada betonarme olarak bir son cemaat yeri ilave edilmiştir. Son onarımına ilişkin doğu duvarındaki kapının alınlığında Nuri imzalı 1379/1959 tarihi bulunan bir ayet kitabesi vardır.
Sultanahmet Camii mimarı, Mimar Mehmed Ağa, Vefa semtinde ikâmet etmekteymiş. Fatih Vakfı Ruznameci Zeyni Efendi’nin yaptırmış olduğu Mimar Ağa mescidi, Cibali yangınında kül olunca, Mimar Mehmed Ağa Sultanahmet Camiisi yapımından aldığı parayla tadilatını yaptırmış. Tadilat sonrası Mimar Ağa’nın ismi verilmiş bu mescide.
MİMARİ YAPISI:
36 metrekarelik küçük bir alana sahip olan bu caminin duvarları iki sıra ve bir sıra kaba yonma taşla örülmüştür.6 metre çapında bir kubbesi ve tek şerefeli bir minaresi vardır. Minarenin gövdesinde sade tuğla kullanılmıştır.
Caminin iki adet lojmanı, abdest alma yeri ve tuvaleti bulunmaktadır.
Camiin bir İmam-Hatip kadrosu bulunmaktadır. Vakit namazlarında ortalama 60, Cuma namazlarında yaklaşık 200 cemaati vardıBir zamanlar ülkedeki zulümden kalam hatıra
Cami içerisinde iki büyük halka. Bu halkalar ne işe yarıyor? Sizi bekletmeden cevabını verelim… Eşek ve at bağlamak için kullanılıyor… 1960′lı yıllara kadar nalbant olarak kullanılan bir caminin hikayesi…
Caminin içerisinde sonradan yapılan çinilerin içinde korumaya bırakılmış iki büyük halka duruyor. Bu halkalar özellikle sökülmeden ve üzeri kapatılmadan bırakılmış.
Bir dönemin “kötü hatırası” unutulmasın diye…
Mimar Mehmet Ağa Camii tek parti döneminde nalbant dükkânı olarak kullanılmış. O döneme ait kalıntılar günümüze kadar gelmiş. O dönemde nalbant dükkânı olarak kullanılan Mimar Mehmet Ağa Camii'nde, atların bağlandığı halkalar, camilerin satıldığının ve camilerin ahıra çevrildiğinin önemli delilleri arasında yer alıyor.